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The first RNA
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>PDB ID 2AW4 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Number of junctions with CHS: 18 Junction: Helix 1: 2172-2490 Helix 2: 2175-2298 Helix 3: 2301-2313 Helix 4: 2314-2336 Helix 5: 2339-2439 Helix 6: 2450-2476 CHS: 1,2 Junction: Helix 1: 164-295 Helix 2: 171-233 Helix 3: 238-247 Helix 4: 248-265 Helix 5: 267-293 CHS: 3,4 CHS: 1,5 Junction: Helix 1: 701-1354 Helix 2: 706-785 Helix 3: 788-926 Helix 4: 929-1293 Helix 5: 1296-1345 CHS: 4,5 Junction: Helix 1: 2155-2666 Helix 2: 2162-2501 Helix 3: 2510-2551 Helix 4: 2561-2638 Helix 5: 2643-2661 CHS: 2,3 Junction: Helix 1: 2698-2826 Helix 2: 2701-2729 Helix 3: 2731-2786 Helix 4: 2790-2824 CHS: 2,3 CHS: 1,4 Junction: Helix 1: 1368-2108 Helix 2: 1374-1392 Helix 3: 1393-1743 Helix 4: 1746-2107 CHS: 2,3 CHS: 1,4 Junction: Helix 1: 2340-2438 Helix 2: 2344-2398 Helix 3: 2402-2425 Helix 4: 2427-2436 CHS: 3,4 Junction: Helix 1: 1445-1697 Helix 2: 1448-1479 Helix 3: 1483-1500 Helix 4: 1503-1695 CHS: 3,4 Junction: Helix 1: 814-882 Helix 2: 817-849 Helix 3: 853-877 CHS: 2,3 Junction: Helix 1: 2189-2283 Helix 2: 2191-2251 Helix 3: 2255-2278 CHS: 2,3 Junction: Helix 1: 9-109 Helix 2: 15-67 Helix 3: 69-105 CHS: 2,3 Junction: Helix 1: 149-590 Helix 2: 152-562 Helix 3: 578-585 CHS: 1,2 Junction: Helix 1: 173-231 Helix 2: 174-187 Helix 3: 193-227 CHS: 1,2 Junction: Helix 1: 800-911 Helix 2: 806-890 Helix 3: 894-904 CHS: 1,2 Junction: Helix 1: 2572-2622 Helix 2: 2575-2600 Helix 3: 2602-2616 CHS: 1,2 Junction: Helix 1: 2867-2943 Helix 2: 2870-2886 Helix 3: 2891-2937 CHS: 1,2 Junction: Helix 1: 1153-1202 Helix 2: 1155-1179 Helix 3: 1188-1199 CHS: 1,3 Junction: Helix 1: 1396-1740 Helix 2: 1401-1723 Helix 3: 1725-1737 CHS: 1,3
Format of the first RNA: CT formatBpseq formatDot-bracket format
The second RNA
>PDB ID 2J01 AGAUGGUAAGGGCCCACGGUGGAUGCCUCGGCACCCGAGCCGAUGAAGGACGUGGCUACCUGCGAUAAGCCAGGGGGAGCCGGUAGCGGGCGUGGAUCCCUGGAUGUCCGAAUGGGGGAACCCGGCCGGCGGGAACGCCGGUCACCGCGCUUGCGCGGGGGGAACCUGGGGAACUGAAACAUCUCAGUACCCAGAGGAGAGGAAAGAGAAAUCGACUCCCUGAGUAGCGGCGAGCGAAAGGGGACCAGCCUAAACCGUCCGGCUUGUCCGGGCGGGGUCGGGGGCCCUCGGCCGAAUCCCCAGCCUAGCCGAAGCUGUUGGGAAGCAGCGCCAGAGAGGGUGAAAGCCCCGUAGGCGAAAGGUGGGGGGAUAGGUGAGGGUACCCGAGUACCCCGUGGUUCGUGGAGCCAUGGGGGAAUCUGGGCGGACCACCGCCUAAGGCUAAGUACUCCGGGUGACCGAUAGCGCACCAGUACCGUGAGGGAAAGGUGAAAAGAACCCCGGGAGGGGAGUGAAAUAGAGCCUGAAACCGUGGGCUUACAAGCAGUCACGGCCCCAAGGGGUUGUGGCGUGCCUAUUGAAGCAUGAGCCGGCGACUCACGGUCGUGGGCGAGCUUAAGCCGUUGAGGCGGAGGCGUAGGGAAACCGAGUCCGAACAGGGCGCGUCCGCGGCCGUGGACCCGAAACCGGGCGAGCUAGCCCUGGCCAGGGUGAAGCUGGGGUGAGACCCAGUGGAGGCCCGAACCGGUGGGGGAUGCAAACCCCUCGGAUGAGCUGGGGCUAGGAGUGAAAAGCUAACCGAGCCCGGAGAUAGCUGGUUCUCCCCGAAAUGACUUUAGGGUCAGCCUCAGGCGCUGACUGGGGCCUGUAGAGCACUGAUAGGGCUAGGGGGCGCCUACCAAACCCUGUCAAACUCCGAAGGGUCCCAGGUGGAGCCUGGGAGUGAGGGCGCGAGCGAUAACGUCCGCGUCCGAGCGCGGGAACAACCGAGACCGCCAGCUAAGGCCCCCAAGUCUGGGCUAAGUGGUAAAGGAUGUGGCGCCGCGAAGACAGCCAGUCGAGUGGCGCCGCGCCGAAAAUGAUCGGGGCUUAAGCCCAGCGCCGAAGCUGCGGGUCUGGGGGAUGACCCCAGGCGGUAGGGGAGCGUUCCCGAUGCCGAUGAAGGCCGACCCGCGAGGGCGGCUGGAGGUAAGGGAAGUGCGAAUGCCGGCAUGAGUAACGAUAAAGAGGGUGAGAAUCCCUCUCGCCGUAAGCCCAAGGGUUCCUACGCAAUGGUCGUCAGCGUAGGGUUAGGCGGGACCUAAGGUGAAGCCGAAAGGCGUAGCCGAAGGGCAGCCGGUUAAUAUUCCGGCCCUUCCCGCAGGUGCGAUGGGGGGACGCUCUAGGCUAGGGGGACCGGAGCCAUGGACGAGCCCGGCCAGAAGCGCAGGGUGGGAGGUAGGCAAAUCCGCCUCCCAACAAGCUCUGCGUGGUGGGGAAGCCCGCAACCCCCCGAAGCCAGGGAGCCAAGAAAAGCCUCUAAGCACAACCUGCGGGAACCCGUACCGCAAACCGACACAGGUGGGCGGGUGCAAGAGCACUCAGGCGCGCGGGAGAACCCUCGCCAAGGAACUCUGCAAGUUGGCCCCGUAACUUCGGGAGAAGGGGUGCUCCCUGGGGUGAUGAGCCCCGGGGAGCCGCAGUGAACAGGCUCUGGCGACUGUUUACCAAAAACACAGCUCUCUGCGAACUCGUAAGAGGAGGUAUAGGGAGCGACGCUUGCCCGGUGCCGGAAGGUCAAGGGGAGGGGUGCAAGCCCCGAACCGAAGCCCCGGUGAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAAAGCGUAACGACCGGAGCGCUGUCUCGGCGAGGGACCCGGUGAAAUUGAACUGGCCGUGAAGAUGCGGCCUACCCGUGGCAGGACGAAAAGACCCCGUGGAGCUUUACUGCAGCCUGGUGUUGGCUCUUGGUCGCGCCUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGGCGCCGGUGAAAUCCACCCUGGCGCGGCUGGGGGCCUAACCCUCGGAUGGGGGGACAGCGCUUGGCGGGCAGUUUGACUGGGGCGGUCGCCUCCUAAAAGGUAACGGAGGCGCCCAAAGGUCCCCUCAGGCGGGACGGAAAUCCGCCGGAGAGCGCAAGGGUAGAAGGGGGCCUGACUGCGAGGCCUGCAAGCCGAGCAGGGGCGAAAGCCGGGCCUAGUGAACCGGUGGUCCCGUGUGGAAGGGCCAUCGAUCAACGGAUAAAAGUUACCCCGGGGAUAACAGGCUGAUCUCCCCCGAGCGUCCACAGCGGCGGGGAGGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCGUCGCAUCCUGGGGCUGAAGAAGGUCCCAAGGGUUGGGCUGUUCGCCCAUUAAAGCGGCACGCGAGCUGGGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCUCUAUCCGCCACGGGCGCAGGAGGCUUGAGGGGGGCUCUUCCUAGUACGAGAGGACCGGAAGGGACGCACCUCUGGUUUCCCAGCUGUCCCUCCAGGGGCAUAAGCUGGGUAGCCAUGUGCGGAAGGGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCCGCCCCAAGAUGAGGCCUCCCACGGCGUCAAGCCGGUAAGGACCCGGGAAGACCACCCGGUGGAUGGGCCGGGGGUGUAAGCGCCGCGAGGCGUUGAGCCGACCGGUCCCAAUCGUCCGAGGUCUUCCCCCGUGCCCAUAGCGGCGUGGAACCACCCGUUCCCAUUCCGAACACGGAAGUGAAACGCGCCAGCGCCGAUGGUACUGGGCGGGCGACCGCCUGGGAGAGUAGGUCGGUGCGGGGG 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Number of junctions with CHS: 23 Junction: Helix 1: 39-449 Helix 2: 40-161 Helix 3: 164-197 Helix 4: 206-213 Helix 5: 217-244 Helix 6: 248-442 CHS: 1,2 Junction: Helix 1: 1991-2313 Helix 2: 1994-2121 Helix 3: 2124-2136 Helix 4: 2137-2159 Helix 5: 2162-2262 Helix 6: 2273-2299 CHS: 2,3 Junction: Helix 1: 250-440 Helix 2: 255-275 Helix 3: 281-385 Helix 4: 389-417 Helix 5: 422-437 CHS: 1,2 CHS: 3,4 Junction: Helix 1: 41-160 Helix 2: 48-109 Helix 3: 114-123 Helix 4: 124-143 Helix 5: 145-158 CHS: 3,4 CHS: 1,5 Junction: Helix 1: 594-1206 Helix 2: 599-677 Helix 3: 680-818 Helix 4: 821-1144 Helix 5: 1147-1197 CHS: 4,5 Junction: Helix 1: 1971-2493 Helix 2: 1981-2324 Helix 3: 2333-2374 Helix 4: 2386-2458 Helix 5: 2466-2484 CHS: 2,3 Junction: Helix 1: 1698-1896 Helix 2: 1702-1714 Helix 3: 1718-1753 Helix 4: 1756-1892 CHS: 1,4 CHS: 2,3 Junction: Helix 1: 2521-2650 Helix 2: 2524-2552 Helix 3: 2554-2610 Helix 4: 2614-2648 CHS: 1,4 CHS: 2,3 Junction: Helix 1: 1220-1927 Helix 2: 1226-1244 Helix 3: 1245-1587 Helix 4: 1590-1926 CHS: 1,4 CHS: 2,3 Junction: Helix 1: 2163-2261 Helix 2: 2167-2221 Helix 3: 2225-2248 Helix 4: 2250-2259 CHS: 3,4 Junction: Helix 1: 1298-1539 Helix 2: 1300-1331 Helix 3: 1335-1352 Helix 4: 1355-1538 CHS: 3,4 Junction: Helix 1: 19-530 Helix 2: 26-489 Helix 3: 499-510 CHS: 1,2 Junction: Helix 1: 27-488 Helix 2: 30-460 Helix 3: 476-483 CHS: 1,2 Junction: Helix 1: 50-107 Helix 2: 51-64 Helix 3: 70-103 CHS: 1,2 Junction: Helix 1: 692-803 Helix 2: 698-782 Helix 3: 786-796 CHS: 1,2 Junction: Helix 1: 1256-1563 Helix 2: 1259-1546 Helix 3: 1552-1561 CHS: 1,2 Junction: Helix 1: 2395-2445 Helix 2: 2398-2423 Helix 3: 2425-2439 CHS: 1,2 Junction: Helix 1: 2690-2762 Helix 2: 2691-2707 Helix 3: 2712-2758 CHS: 1,2 Junction: Helix 1: 310-354 Helix 2: 314-329 Helix 3: 338-350 CHS: 1,3 Junction: Helix 1: 1248-1584 Helix 2: 1253-1566 Helix 3: 1568-1581 CHS: 1,3 Junction: Helix 1: 706-774 Helix 2: 709-741 Helix 3: 744-770 CHS: 2,3 Junction: Helix 1: 2007-2107 Helix 2: 2010-2084 Helix 3: 2088-2101 CHS: 2,3 Junction: Helix 1: 2783-2882 Helix 2: 2788-2840 Helix 3: 2841-2880 CHS: 2,3
Format of the second RNA: CT formatBpseq formatDot-bracket format
Score matrix
>single-base scoring matrix: A C G U A +2.22 C -1.86 +1.16 G -1.46 -2.48 +1.03 U -1.39 -1.05 -1.74 +1.65 >base-pair scoring matrix: AA AC AG AU CA CC CG CU GA GC GG GU UA UC UG UU AA -2.49 AC -7.04 -2.11 AG -8.24 -8.89 -0.80 AU -4.32 -2.04 -5.13 +4.49 CA -8.84 -9.37 -10.41 -5.56 -5.13 CC -14.37 -9.08 -14.53 -6.71 -10.45 -3.59 CG -4.68 -5.86 -4.57 1.67 -3.57 -5.71 5.36 CU -12.64 -10.45 -10.14 -5.17 -8.49 -5.77 -4.96 -2.28 GA -6.86 -9.73 -8.61 -5.33 -7.98 -12.43 -6.00 -7.71 -1.05 GC -5.03 -3.81 -5.77 2.70 -5.95 -3.70 2.11 -5.84 -4.88 5.62 GG -8.39 -11.05 -5.38 -5.61 -11.36 -12.58 -4.66 -13.69 -8.67 -4.13 -1.98 GU -5.84 -4.72 -6.60 0.59 -7.93 -7.88 -0.27 -5.61 -6.10 1.21 -5.77 3.47 UA -4.01 -5.33 -5.43 1.61 -2.42 -6.88 2.75 -4.72 -5.85 1.60 -5.75 -0.57 4.97 UC -11.32 -8.67 -8.87 -4.81 -7.08 -7.40 -4.91 -3.83 -6.63 -4.49 -12.01 -5.30 -2.98 -3.21 UG -6.16 -6.93 -5.94 -0.51 -5.63 -8.41 1.32 -7.36 -7.55 -0.08 -4.27 -2.09 1.14 -4.76 3.36 UU -9.05 -7.83 -11.07 -2.98 -8.39 -5.41 -3.67 -5.21 -11.54 -3.90 -10.79 -4.45 -3.39 -5.97 -4.28 -0.02
Gap penalty -1 -2 (default: -1)